La résolution est plus grande dans HQ (640*480 dans SD, 800*600 dans HQ de mémoire), les couleurs sont plus belles, il y a plus de routes et de fins.
Certaines scènes sont modifiées aussi (et pas toujours en bien selon moi, il y a plus de hors champ...).
HQ reprend le moteur de Cross Days, ça se voit beaucoup au niveau des dessins d'ailleurs, par exemple les persos sont un peu plus grassouillets dans SDHQ (et dans CD).
Exemple avec Sekai :
normal : http://kakeracomplex.files.wordpress.com/2010/10/sekai-saionji1.jpg
HQ : http://angryjedi.files.woordpress.com/2012/08/sekai.png