Il n'y a pas d'incohérence, c'est comme un jeu avec des choix, en fonction de celui que tu prendras les actions seront différentes. Sachant que ce choix arrive pour chaque personnage de la série, il est normal d'avoir des histoires plutôt différentes à chaques fois.
En l'occurence, on pourrait dire que là où Keiichi craque pour Rena dans le premier arc, c'est plutôt vis à vis de Mion dans le suivant.
À noter que les évênements passés comme les meurtres ne changent pas pour une raison qui sera expliquée plus tard.