1-Plusieurs mouvements de Sam permettent de faire le choix entre tuer ou assommer(selon la touche appuyée) et des nouveaux apparaissent.
2-Sam est équipé d'un couteau. Il peut être utiliser pour tuer brutalement les ennemis(et quelques civils) et pour se frayer un passage à travers certains obstacles(la toile d'une tente par exemple).
3-Il est possible de hacker les ordinateurs et autres équipements électroniques(dans un mini-jeu).
4-À la jauge de visibilité s'ajoute une nouvelle jauge qui indique le bruit que Sam fait et le volume ambiant.
5-Le pistolet est équipé d'un gadget qui envoi une petite impulsion électromagnétique pour faire dérailler les engins électriques(ordinateurs, lumières, etc...). Très utile pour éteindre temporairement une lumière ou pour créer une distraction.
6-Les lunettes de Sam ont un nouveau mode de vision pour révéler les machines consommant du courant électrique(utile pour savoir ce qui peut être désactivé avec une décharge du pistolet).
7-Le SC20K est maintenant divisé en quatre kits(foregrip, launcher, shotgun & sniper en anglais), chacun ayant une fonction et des munitions différentes.
8-Les alarmes ne mettent pas fin à la mission mais chaque niveau d'alarme active son lot de mesure défensive anti-intrusion(laser, mitrailleuse, etc...)
9-Autres changements qui ne viennent pas à l'esprit.
Vous devriez vous amuser. Avis perso: Chaos Theory est le meilleur de la série. 
