C'est un peu long de tout expliquer vu qu'il y a des tas de solutions pour chaque jeu, mais par exemple Duke Nukem 3D a des "ports", des exécuteurs non-officiels qui forcent les fichiers du jeu à être reconnus sur un ordinateur moderne, et donc à se lancer comme au bon vieux temps, mais de façon améliorée bien souvent (fluidité, possibilités diverses etc.)
Ca c'est pour les jeux les plus connus.
Les moins connus, ou les moins populaires de nos jours, doivent être lancés via Dosbox, un utilitaire qui "simule" un ancien ordinateur, dans ton ordinateur... oui c'est un peu spécial... et le jeu tourne exactement comme dans l'ancien temps.
Dosbox est une solution peu ergonomique mais bien utile, le mieux ça reste les ports, par exemple récemment j'ai fait une vidéo pour le jeu Wolfenstein 3D qui explique comment y jouer avec un port, si tu veux saisir un peu mieux le concept:
http://www.youtube.com/watch?v=27tUYZpGhzI
La majorité des ports fonctionnent de cette façon, c'est très facile, et Quake I et II en ont une multitude.