Justement on sait que le colonel n´est que la projection de la conscience de Raiden traitée par l´IA de l´arsenal gear, comme le dit Otacon!
Or a la fin Solidus lui dits que malgré la destruction de l´arsenal il reste une trace des Patriots dans la combinaison de raiden!
Le colonel qu´on voit a la fin est le meme que celui du reste de l´aventure, seulement il n´emane plus de l´arsenal mais de la propre combinaison de Raiden! C donc bien une IA mais pas un patriot lui meme!
Ce n´est qu´une interpretation toute personnelle. Mais cela me semble trop capillo tracté! Une IA qui se forme elle meme a partir des infos collectées par les humains...c bof! Je suis persuadé qu´il a des humains , des vrais derière tout ca!