Peut-être que le début du jeu se joue dans le passé où on contrôle Big Boss. Il aurait trouvé quelque chose à cet endroit-là et Liquidus Snake ( le quatrième clone de Big Boss?!?!?!) se serait caché là, quelque part en Russie. Liquid, qui lui servirait Liquidus, retournerait là-bas et Solid Snake l´aurait suivi jusque dans la jungle, au même endroit que Big Boss, et on contrôlerait Solid Snake là pour le reste du jeu.