la cia veut voler une grosse somme d´argent a l´urss, pour ce faire ils envoient snake et the boss, mais volgin lance une tête nucléaire en faisant accuser les américains, pour éviter une guerre nucléaire avec la russie, les américains doivent prouver leur innocence en tuant the boss ( car ils ont fait croire à la russie que c´est the boss qui a tiré l´obus nucléaire) donc snake tue the boss et ocelot, l´agent de la cia infiltré dans el gru, récupère l´argent et le rend aux américains qui créent les patriots