Plusieurs choses:
1. Je ne pense pas que Big Boss soit le fils de The Boss, car sinon The Sorrow ne dirait pas: " tes fils tueront leur père", mais plutot " tu tuera tes parents, tout comme tes fils le feront", ou un truc du genre! Surtout que The Sorrow en serait probablement le père...
2. Plus intéressant: pour moi, Big Boss justifie ses actions à Outer Eaven et Zanzibar Land soit parce qu´il suit toujours les ordres des patriotes, soit parce qu´il se révolte, au contraire. Je sais, je n´ai rien inventé.
Mais je pense que la bonne solution est la deuxième, car Liquid et Solidus font leurs petites révoltes en " recréant" Outer Eaven, le rêve de leur " père", Big Boss. Or, les deux ( et surtout Solidus, du moins explicitement) le font en défiant le règne des patriotes. C´est pourquoi je pense que Big Boss se révolte plutot que de suivre les directives.
D´un autre côté, les patriotes à la fin de mgs3 qui parlent de prendre Big Boss de leur côté met le doute ( comme de nombreuses choses...).
Et là je repense à Gray Fox ( qui a suivi Big Boss dans mg2): " Nous ne sommes pas à la solde d´un gouvernement...", ca rejoint ma première idée...
3. La liste des 12 personnes obtenue à la fin de mgs2 est celle les 12 sages de départ, morts " à peu près" 100 ans avant mgs2, c´est assez clair. Et, pour le " à peu près" assez imprécis, il faut penser que ces hommes ont pu " disparaitre" officiellement un bon bout de temps avant la création des philosophes proprement dit...
Bon, ce qui m´embète est que Otacon dit qu´ils viennent principalement de New York!...
Autre hypothèse: ceci était juste pour donner un indice de l´époque à laquelle allait se dérouler mgs3, et pour montrer que ce qu´on sait des patriotes n´est qu´un infime partie de la vérité...