Et pour néo je pense que c´est un humain mais qui contient un programme, le code source de la matrice entre autres ( c´est dit dans le film)...
Les gars de sion arrive très bien a s´implanter des programmes dans le cerveau, du genre apprendre le kung fu, apprendre a piloter tel véhicule etc...
Donc il se peut que le système est fait de même avec Neo, il lui aurait implanter le programme pour redémmarer la matrice...