Nous avons été désignés par la princesse Zelda comme étant les remplaçants du Héros du Temps. Effectivement, Ganondorf s´est téléporté 50 ans en arrière afin de pouvoir conquérir Hyrule lors de la Grande Guerre.La Team of Time a récupérée le Cadran Céleste et l´Amulette du Temps, permettant de voyager à travers les âges. Nous nous retrouvâmes 50 ans en arrière et notre but est de sauver Hyrule. Mais certains de nos équipiers s´avèrent être des ennemis. Aarissa et Wenga sont les enfants de Ganondorf, Aarissa est contrôlée par son père mais Wenga résiste à ce pouvoir et se retrouve dans un coma.
En ce moment, les autres Héros du Temps sont sur la plaine d´Hyrule contre les troupes de Ganondorf. Celui-ci pénétra alors dans le Bourg d´Hyrule, là où Anna, la porteuse de l´Amulette du Temps ainsi que du Cadran Céleste s´était rendue.
Ganondorf est intéressé par le pouvoir de l´Amulette du Temps et du Cadran Céleste et veut s´en emparer afin d´accomplir ses desseins.
