Les cellules d'un organisme ont le même génome (sauf exceptions), mais elle n'expriment pas forcément les mêmes gènes (tous les gènes ne sont pas transcrits dans toutes les cellules d'un organisme).
L'expression des gènes dépend:
=> Du type cellulaire.
=> Des conditions environnementales
...
La transcriptome = le reflet de l'expression des gènes dans des conditions données, sur un groupe de cellules donné.