"Je pense que la seconde théorie est la bonne. "
Moi aussi 
Mais malheureusement, je crois qu'il n'y a aucun moyen d'affirmer cette théorie définitivement, donc on ne pourra jamais être sûr à 100%.
"Si l'âme est "immatériel" qu'elle est-elle ? à quelle loi obéit-elle ? etc. Sinon, si nous somme des "machines", pourquoi puis-je dire "je". Pourquoi ai-je l'impression du libre arbitre ?
Mais ce je crains que ces questions ne sortent du domaine de la science. "
C'est vrai, ces questions sortent en partie du domaine de la science. Si l'âme est immatérielle, alors elle ne peut pas être étudiée par la physique (car la physique n'étudie pas les objets non physiques, c'est impossible, et d'ailleurs elle n'admet que l'existence d'objets physique). On ne peut donc pas savoir à quelles lois l'âme est soumise, tout ça c'est du ressort de la foi, de la religion, etc.
Par contre si l'âme est matérielle, alors elle entre dans le domaine d'étude des sciences et peut être étudiée un peu plus rationnellement. Et là, même si on n'a pas les réponses aux questions que tu pose (ou bien des réponses partielles, la psychologie est encore loin d'être une vraie science), si l'âme est matérielle et qu'on peut espérer un jour comprendre son fonctionnement en détail, alors on devrait pouvoir répondre à ces questions. Pour l'instant, je crois qu'on est incapable de savoir comment se forme la conscience de soi-même dans l'esprit (mais des neurologues et des psychiatres doivent sûrement rechercher activement comment ça fonctionne), quant à l'illusion de libre-arbitre, je pense que ça vient de notre incapacité à prévoir comment nous sommes déterminé : une fois qu'on a effectué une action, alors il devient évident qu'on était déterminé à accomplir celle-ci, mais avant d'accomplir l'action, on ne pouvait pas savoir parmis toutes les actions possibles laquelle on est déterminé à accomplir, d'où l'impression de choix (c'est assez compliqué à expliquer, et je pense que la aussi ça sort du domaine de la science pour tomber dans celui de la philosophie).
