La conversion écossaise à lieu grosso modo dans la première moitié du XVIème siècle (elle déborde un peu aux années 1560).
La doctrine de Martin Luther influença les Écossais à partir de 1517 et dès 1525, le Parlement écossais prit des mesures pour lutter contre la pénétration des idées protestantes dans le pays.
En 1528, Patrick Hamilton est brûlé pour hérésie (je crois que c'est le premier martyr protestant de l'histoire d'ailleurs). Les éloges de l'opinion d'Hamilton, particulièrement dans des ouvrages imprimés, ne firent qu'accroître l'intérêt pour ces idées nouvelles auprès du peuple écossais. Aussi on déconseilla à l'archevêque de St Andrews de procéder à d'autres exécutions publiques similaires, car "la puanteur de Maître Patrik Hammyltoun a contaminé toutes les personnes qui l'ont respirée".
Les années 1530 et 1540 sont marquées par plusieurs exécutions. Les réunions privées d'hérétiques furent interdites, les informateurs récompensés par le Parlement, et les sympathisants protestants furent exclus des charges royales. Tout cela attestait de l'attirance croissante pour les idées protestantes.
En 1535, le roi Henri VIII avait rompu avec Rome et avait été excommunié. Il avait également autorisé la lecture de la Bible dans la langue vernaculaire. Ces 'hérésies' anglaises pesèrent encore davantage sur les événements en Écosse, les idées religieuses entrant en conflit avec les manœuvres politiques. Depuis les années 1530, la politique anglaise tâchait de dégager l'Écosse de ses liens traditionnels avec la France (la Auld Alliance) et Rome, particulièrement renforcées lorsque Marie de Guise monte sur le trône en 1542, à la mort du Roi d'écosse qu'elle avait épousé 4 ans plus tôt.
La cause de la Réforme reçut des soutiens puissants. À cette époque, le clergé dressa pour le roi une liste de plus d'une centaine de propriétaires fonciers mécontents de l'Église. Et la force des sympathisants de la Réforme était telle qu'ils purent, à la mort de Jacques V en 1542, former un gouvernement sous la direction de l'hésitant comte d'Arran, qui, à ce moment-là, était favorable à la cause protestante et à une alliance avec les Anglais.
Pour contrer les Anglais, les Écossais s'assurèrent de l'aide des Français, en échange des fiançailles du jeune Dauphin, le futur François II avec leur toute jeune reine.
Marie de Guise s'appuya tout d'abord sur les pasteurs protestants, dont le nombre grandissait. Elle avait besoin de soutien pour sa politique pro-française, et les protestants ne pouvaient espérer un soutien identique de la part des Anglais, qui venaient de passer sous le gouvernement de la catholique Marie Tudor. Pourtant, le mariage de la reine Marie d'Écosse avec le dauphin en 1558 intensifièrent les craintes que l'Écosse ne devînt une province française.
En 1557, un groupe de Lords écossais, connus comme les « Lords de la Congrégation », établit un covenant « pour soutenir, exposer et faire régner la très sacrée Parole de Dieu et sa Congrégation ». Cela fut suivi en 1558-59 par des flambées iconoclastes. Au même moment, un programme fut établi pour réformer le culte et le prêche des paroisses, pendant que les communautés locales recherchaient des pasteurs protestants. En 1558, le régent somma les prêcheurs protestants de répondre de leur enseignement, mais il fit machine arrière lorsque les propriétaires fonciers de l'ouest du pays menacèrent de se révolter.
En juin 1560, Marie de Guise mourut, permettant l'élaboration du traité d'Édimbourg, négocié entre la France et l'Angleterre, pour garantir le retrait des troupes anglaises et françaises d'Écosse. Bien que les commissaires français fussent réticents pour traiter avec les Lords de la Congrégation insurgés, ils offrirent néanmoins aux Écossais certaines concessions à l'initiative de François II de France et de la reine Marie, comme, par exemple, le droit de convoquer un Parlement selon leurs us et coutumes. Dans les faits, ce traité remit le pouvoir dans les mains des Protestants.
Le Parlement écossais de 1560, rejeta l'autorité du pape, interdit la célébration de la messe et adopta une confession de foi protestante. Cela fut rendu possible par une révolution contre l'hégémonie française, matérialisée par le régime de la régente Marie de Guise, qui gouvernait l'Écosse au nom sa fille absente, Marie Ire d'Écosse, reine d'Écosse et également reine consort de France.