A priori, j'aurai dit que ça ne fonctionne pas, car en général, il y a toujours une partie d'installée sur le disque système, mais tu ne risque rien à tester.
Pour le ralentissement, ça me semble logique, la lecture des données via l'interface USB étant plus lente que sur un disque interne. Surtout les petits fichiers.
Tu peux éventuellement le faire sur un disque externe FireWire, tu ne devrais pas avoir ce problème.
Mais c'est souvent plus cher et il te faut un port FireWire sur ton PC (si c'est un portable, en général il y en a 1).
Pour la carte graphique, je ne saurais t'aider, je suis complètement à la ramasse concernant ce genre de matos 