Il peut y avoir des conflits. Les objets sont référencés par ID dans les mods et dans le jeu lui-même. Du coup, si deux objets différénts ont le même ID, ça merde GRAVE.
Exemple, vieux_sénile a créé un mod ajoutant un mega baton pour sorcier, dont l´ID est " supadupapowastaff".
Derriere, je passe et je crée un mod avec une mega canne à peche que j´apelle " supadupapowastaff"... Bon bah là celui qui arrive à charger sa sauvegarde je veux bien qu´il m´explique comment il fait.
Récemment, un congrégation de modeurs s´est réunie en Wiwiland ( le site de Wiwi, incontournable plaque tournante du mod francophone pour morrowind, http://perso.club-internet.fr/miclg/ ) pour mettre en place la " Wiwinormae" qui devrait permettre entre autres chose d´éviter les conflits entre mods... Pour ceux qui la suivent, évidémént. Le principe de base est d´utiliser des prefixes pour éviter les ID dupliquées, par exemple 
Enfin, un exemple de conflt de mods: y´a un personnage qui meurt à vivec quand on entre dans le bar. Normalement, le patchd´Ubi Soft corrigeait ce bug. mais si un mod touche à ce perso, parfois, le perso meure quand même.
Ou alors, le mod " marchands riches" multiplie par 10 le fric des marchands. mais un autre mod fait vendre des objets spéciaux à Arrile... Arrile risque de ne pas avoir son argent augmenté.
En fait, le résultat dépends beaucoup des éléments qui entrent en conflit. Ca peut aler du bug mineur à l´impossibilité de charger une sauvegarde tant que le mod n´est pas désactivé...