Deuxième partie
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3000 ans plus tard, c´est la race des humains qui domine le monde. Une société du nom de Shinra inc. dirige une grande partie du monde, Shinra travaille dans tous les domaines, aussi bien dans le domaine spatial, qu´automobile, militaire, scientifique ou industriel. Le professeur Gast qui dirige les laboratoires Shinra avec un collègue prénommé Hojo, découvre lors de recherches sur la terre promise, ce qu´il pense être un Cetra, et nomme cette découverte JENOVA en référence, sûrement à Géhova, voulant dire Dieu. Jénova est en faite l´entité tombée des cieux, qui a détruit les Cetras, ceux-ci avaient le pouvoir de parler à la planète. La Shinra pense que la Terre Promise contient beaucoup de Mako et c’est pour cela qu’elle demande à Gast d’injecter des cellules de Jénova à des membres du soldat. Il décide d´établir un projet ayant pour but de créer, avec des cellules de Jénova, sans savoir que ce n´est pas une Cetras, un groupe de soldats génétiquement modifiés, aspergés au Mako, qui sont censés avoir les pouvoirs qui permettront de découvrir la terre promise. Avant le projet, Gast s’enfuit loin de la Shinra, à Icicle, avec une Cetra, Iflana, qu’il découvrit en chemin. Il attendait d’elle des explications sur les Armes, les Anciens ou encore la Calamité des Cieux qu’il prit peine d’enregistrer sur des vidéos. Ils étaient logés dans la ville enneigée dans les montagnes du Nord.
Leur relation pris du dessus et finalement, le coup de foudre tomba sur cet homme et cette Cetra, d’où vient l’apparition de la demi-Ancienne : Aeris. Oui. Demi-Ancienne vu qu’elle appartient à un parent de nature humaine.
Hojo retrouva Gast et le tua. Il captura aussi les deux anciennes, admira les vidéos et les emprisonna à Midgar. Quelques années plus tard, Iflana trouva le moyen de s’enfuir avec sa fille mais elle fut blessée et ne pouvait plus continuer à fuire du moment où elles étaient sur les quais de Midgar du secteur 7. Aeris fut recueillie par une mère désespérée de la solitude, sans nouvelle de son mari,qui avait perri dans la Guerre d’Utai. Elle connaissait les dons d´Aeris et jura à sa vraie mère de la traiter comme sa propre fille.
Pendant ce temps, Hojo récupéra les recherches de Gast afin de les continuer.
Vincent qui était le Turk chargé de protéger les scientifiques, était contre les expériences sur les humains(L‘injection de Jenova sur Sephiroth). Ayant un gêneur dans les bras, Hojo tua Vincent d’une balle dans le cœur et le ressuscita plus tard faisant de Vincent un mort-vivant. Il perdit un bras durant l’expérience, remplacé par une prothèse et acquit le don de se transformer en créature. Pensant que Lucrecia était morte durant sa mort, il se sentit responsable et s’accorda un repos éternel. Seulement, Lucrecia n’était pas morte.
. On pourrait croire Lucrecia morte des actes qu’elle a commis comme faire naître Sephiroth car elle finira par regretter et obtenir un choc mental assez rude. En réalitée, elle était resté dans une grotte, vivante grâce aux cellules renforcées de Jenova. Elle mourra lorsqu´elle sera sûr dans son esprit que Sephiroth est mort. La Shinra décide d’envoyer Séphiroth accompagné de soldat dans une expédition au réacteur de Nibel…