Dans "Options > Joypad configuration" de Snes9X, normalement, tu accèdes à la configuration de "quelles touches de ton clavier correspondent aux touches de la manette SNES d'origine". Après, tu n'as plus qu'à savoir ou deviner quelle touche du jeu ouvre le menu pour pouvoir enregistrer quand tu arrives à un point de sauvegarde dans le jeu. C'est aussi dans le menu du jeu que tu pourras accéder aux stats et équipements de tes personnages.
Sinon, tu devrais aussi pouvoir sauvegarder en faisant "File > Save game position", et recharger ensuite cette sauvegarde avec "File > Load game position". Toutefois attention, car il faut savoir que si tu utilises cette méthode pour sauvegarder, les sauvegardes que tu fais à l'intérieur du jeu sont écrasées par celles présentes à un endroit que tu charges par le menu de Snes9X. C'est p-e pas clair alors j'illustre avec un exemple: quand j'ai commencé à jouer à FF6 de la même façon que toi, j'ai fait des "File > Save game position" au début, mais après un court temps j'ai opté pour simplement les sauvegardes au sein du jeu en lui-même. Arrivé loin dans le jeu, j'ai fait par erreur un "load game position" qui a rechargé la partie au début du jeu (là où j'avais fait ma dernière "save game position") ainsi que l'état de mes sauvegardes au sein du jeu à ce moment, ce qui fait que j'ai perdu ma progression (ne pouvant revenir loin dans le jeu directement vu qu'aucune sauvegarde ne subsistait)...