Mega Matéria Verte : Elle est enfermée dans la fusée Shinra 26 après son décollage de Fusée Cité, il vous faut entrer le code pour récupérer la matéria avant l'explosion. Si vous échouez vous n'aurez plus aucune occasion de la récupérer.
Mega Matéria Rouge : Elle se trouve à Junon dans le sous-marin rouge. Partez à sa poursuite, coulez le submersible et récupérez-la sur l'épave. Si vous êtes coulé, vous vous retrouverez sur la plage de Bas Junon et vous n'aurez plus qu'une seule ocassion de la récupérer. Vous pourrez vous procurer un autre sous-marin en retournant au tunnel sous-marin. Le chien vous empêchant d'habitude de passer vous laissera entrer vous permettant ainsi de capturer le sous-marin rouge.
Mega Matéria Bleue : Arrêtez le train partant du réacteur du Mt. Corel avant qu'il ne vienne s'écraser sur Corel Nord et vous la recevrez.
Si vous ne rejoignez pas le train dans le temps imparti, la méga matéria est perdue à jamais. Si vous ne parvenez pas à empêcher son déraillement, vous avez encore une chance de la récupérer en l'achetant 50 000 gils à un gamin dans l'ultime wagon.
Mega Matéria Jaune : Empêchez les troupes de la Shinra d'envahir Fort Condor une dernière fois et le vieil homme au premier étage vous récompensera en vous remettant cette Méga Matéria.