Unity est très lourd, pratiquement pas personnalisable en dehors du fond d'écran, et n'est absolument pas aussi fonctionnel que KDE.
En gros tu mets ton Atom à genoux pour rien.
Et pour le "bip" de Debian, c'est un module du noyau Linux à blacklister.
Blackliste le module "pcspkr" et hop, t'as plus aucun bip.
J'en profite donc pour te dire que rien ne t'oblige sous Debian ou autres, de rester dans la configuration proposée par défaut.
Sous GNU/Linux tout se customise. Les bips, l'environnement graphique, les programmes...