Si l'EFI est activé sur ta machine, "oui, c'est normal". Après, je n'ai jamais utilisé boot-repair donc ne je sais pas s'il sait gérer l'EFI correctement.
As-tu cherché les options de "réparation d'un système existant" sinon, au démarrage du liveCD?
En fait le gros problème c'est que je ne trouve pas la moindre documentation propre (c'est-à-dire "autre qu'un tuto crade écrit par le péon du coin sur un wiki géré à la sauvage") pour Ubuntu, concernant la réparation du gestionnaire d'amorçage... sous Debian il y a le "rescue-mode" du CD d'install qui fait plutôt bien son travail, mais je galère pour trouver l'équivalent propre sous Ubuntu.
Si j'en crois http://www.cyberciti.biz/faq/howto-boot-ubuntu-linux-rescue-mode/ , ce que je cherche existe bel et bien, et devrait résoudre ton problème. Essaie de booter en mode "réparer un système cassé", sur ton CD. Et une fois la partition qui contient ton installation actuelle d'Ubuntu trouvée, sélectionne-la, et demande une réinstallation de GRUB...