Non.
En fait ce que je me demande, c'est "où se situe l'essentiel de GRUB", entre tes deux disques. GRUB étant le programme qui se lance au démarrage, et te donne le choix entre Ubuntu et Windows.
Typiquement, GRUB implante le "début" de son code dans le MBR (master boot record) du disque sur lequel tu choisis de l'installer (d'où ma question, et les tests que je t'ai indiqués), qui est un espace très limité. La "suite" du code est placée sur une partition du disque, généralement celle qui contient ton système Linux si tu regroupes /boot sous /, donc le "petit morceau" de GRUB a besoin du reste pour s'amorcer complètement et fonctionner.
Ce qui m'étonne c'est que même sans le disque externe, ton GRUB tienne debout, au moins suffisamment pour lancer Windows.
Tiens je sais, on va lever l'ambiguïté tout de suite.
Démarre sur Ubuntu, sur ta machine habituelle.
Lance le programme GParted (qui doit se trouver dans les outils système), et fais des captures d'écran du partitionnement de tes deux disques dur, puis envoie-les ici. Ça m'évitera de rester dans le flou...