Les .machins sont importants : ils stockent la configuration de pas mal de tes programmes.
Celui qui est standard, c'est ton ~/.config
C'est un dossier qui stocke des sous-dossiers appartenant aux programmes que tu utilise.
Genre chez moi pour Transmission j'ai donc un dossier ~/.config/transmission-daemon/
avec des fichiers de conf dedans.
C'est une "convention" que de placer les fichiers de conf spécifiques à l'utilisateur ici.
Tout le monde ne respecte pas cela.
Exemple, l'environnement graphique E17, stocke sa configuration dans ~/.e
En résumé, tu peux supprimer dans .config les sous dossiers de programmes / Environnements de bureau que tu n'utilise plus. Et aussi ceux qui sont situés en dehors comme par exemple ~/.machin
Sauf pour .aptitude qui est crucial comme tu dois t'en douter.
Un conseil, ne supprime pas l'intégralité de ton dossier .config.
Sinon, les applications qui avaient leurs paramètres définis la dedans vont réutiliser la configuration par défaut en régénérant des fichiers de conf génériques.