Pour ma part, j'utilise bien souvent aptitude purge. (sauf quand il s'agit d'un service que je suis susceptible de réinstaller peu de temps après)
Si tu as un doute sur les paquets orphelins (rappel: présents, mais "inutiles" en tant que tels), utilise deborphan.
Il te donne une liste de paquets (principalement des bibliothèques) qui ne servent à aucun logiciel, mais sont pourtant installés sur ton OS.
Pour les désinstaller, tu peux faire manuellement un aptitude purge suivi des noms de paquets concernés, séparés par un espace;
Ou:
aptitude purge `deborphan`
en tant que root.
Mais méfiance avec cette commande: parfois, il se peut que tu aies installé une lib' toi-même, manuellement (et pas par dépendance), pour une raison X ou Y. Et il y a de fortes chances pour que cette lib' se retrouve dans la liste, donc si tu ne fais pas gaffe, elle partira avec le reste, via cette commande.
(c'est réversible hein, faut pas avoir peur non-plus, mais faut bien regarder la liste de ce qui va être viré quand tu fais ça, et dans le doute, s'abstenir)