Dans tous les cas, tant que tu découvre et que t'es pas parfaitement à l'aise avec ta distro, vaut mieux pas supprimer ta partition Windows. Si tu fais un bourde c'est toujours mieux d'avoir un OS connu et déjà réglé de dispo, et pas mal de logiciels windows sont pas compatibles Linux donc il se peut peut-être que tu ne puisse, de toute façon, pas t'en passer
Réduis la taille de ta partition windows si ça te bloque, mais je te conseille vraiment d'attendre de bien maîtriser avant de totalement la remplacer, si tu as toujours envie de le faire.
Pour gestion des dossiers, tu veux dire quoi précisément? Si tu parle des fichiers, c'est juste différent; windows utilise du NTFS qui a ses avantages et ses défauts (comme la fragmentation), Linux peut utiliser des tas d'autres comme de l'ext4 qui ne partitionne pas, pour ne citer que ça.
Si tu veux dire réglage des dossiers, alors oui, c'est un peu mieux (ou en tout cas dispo par défaut) puisque tu as une gestion des groupes, permissions et affichage un peu plus poussées 