Tu te prends la tête pour rien, synchronise uniquement les données et lance tes applications en local.

Je reposte la fin de ma réponse en PM ici.

Ton problème (comme beaucoup d'autres) peut se voir comme la successions de deux choses :
1) l'acquisition de données,
2) le calcul sur les données obtenues.

Ce que tu veux vraiment faire, c'est faire le 1) sur ta machine courante (celle qui est sous ton nez), et faire le 2) sur un serveur de calcul qui déchire tout, car ça ira plus vite que de le faire sur la machine courante.

Dans la réalisation, il te faut donc plusieurs programmes (ou un programme avec plusieurs modes) de façon à dissocier complètement les tâches 1) et 2). Sans ça, tu es cuît. Si tu as ça, SSH ne va intervenir que pour faire transiter les données acquises sur la machine courante vers le serveur de calcul.

D'accord, voici quelques infos qui m'ont déjà beaucoup aidé.
Merci à tous pour votre aide !