Parce que les drivers sont meilleurs,
parce que la gestion du ntfs est meilleure,
peut-être parce que ton système est moins chargé sous windows aussi (parce que bon, ubuntu c'est un veau mine de rien),
peut-être enfin parce que ta conf est pollué par de la gestion d'enérgie abusive qui empêche ton ordi de vraiment donner ce qu'il a dans le ventre.
J'ai aussi pensé à un problème purement lié au son, mais ça me paraît avec un peu de recul trop surréaliste pour être vrai.
Tiens, au passage, puisque tu as un nivdia : c'est quoi le driver utilisé ? nv, nouveau ou nvidia ? (la réponse est dans le /var/log/Xorg.0.log , ouvrable par un super-utilisateur).