C'est simple. Wine n'est pas un moyen de faire tourner ton Windows (celui qui est installé sur ta machine) dans Linux. Ça ce n'est pas possible.
Wine, c'est un émulateur de Windows pour linux, tout comme Zsnes est un émulateur de Super Nintendo pour Linux. C'est donc un programme qui se glisse entre Linux et un exécutable afin de faire passer Linux pour un Windows. Et pour que ça marche, il faut bien que Wine fasse croire à l'exécutable qu'il y a une partition C:, alors que ce fameux C: est en fait un dossier de ta partition Linux (celui de ton choix, va régler ça dans winecfg).
NdM: faites pas chier avec « ouais mais wine ça veut dire "Wine Is Not an Emulator" » ou je mords.