Bon, pour l'histoire du driver, c'est assez simple :
en dessous de 850
driver ati de xorg, au dessus
fglrx
La fenêtre te proposait (à juste titre) d'installer fglrx. Sans ça, tu ne peux normalement pas lancer compiz (quoique, peut-être que le driver ati + xserver-xgl ça passe peut-être encore pour ta carte, mais c'est clairement le plus lent que tu puisses obtenir). Je te propose de vérifier que fglrx est bien utilisé par xorg :
sudo grep -i -e fglrx /var/log/Xorg.0.log
(si j'ai bien compris, le xorg.conf est maintenant tout vide donc on n'a plus l'info via celui-cu
)
Pour wine, je parie que c'est essentiellement une maladresse dans la configuration. Fais joujou avec les options proposées par la commande winecfg (et spécialement la liste des windows gérés).