Ça vient d'ailleurs: un bibliothèque de X11 ou d'un programme utilisé pour les rendus de navigateur/WM mal compilé ou optionnel, un service pas compilé avec les bonnes options, ... Les dépendances sont toutes enchevêtrées les unes dans les autres bien souvent; le compilateur peut te dire qu'il en manque pour le programme que tu installes, mais des dépendances optionnelles ou compilées différemment multiplié par 5, 10, 100 paquets, au bout d'un moment tu te retrouve forcément avec des énormités.
Y'a le même type de problèmes sur Gentoo parfois.
Enfin lances subtle avec startx et traque les erreurs et évènements quand ça plante sinon 