Ce n'est pas une différence, c'est un gouffre !
Le gestionnaire de paquets contient du soft testé/contrôlé/patché par les développeurs de ta distribution, alors qu'un plugin sauvage n'a subi aucun contrôle,
Le gestionnaire de paquets assure une cohérence à l'installation et à la suppression d'un paquet, alors que l'installation d'un plugin peut conduire à l'écrasement d'un fichier venant d'un autre plugin (et souvent sans prévenir) et que sa suppression peut conduire à l'effacement d'un fichier qui est nécessaire au fonctionnement d'autre chose.
Le gestionnaire de paquets vérifie proprement l'origine de chaque paquet et logue tout changement pour plus de traçabilité, alors que leu gestionnaires de plugins ne font pas grand chose à ce niveau (cf celui de Firefox).
Bref, le gestionnaire de paquets c'est propre, sûr, et bien balisé, tandis que les plugins c'est l'anarchie qui pose tant de soucis sous Windows. Ainsi, je vois dans la news que j'ai pointée un retour en arrière de 15 ans que je ne puis tolérer.