Formater ne servira à rien. Purger tout gnome, effacer les .gnome* dans le home, puis réinstaller gnome devrait faire le ménage par contre.
Sinon, il y a de très bons gestionnaires de fenêtres qui ne sont ni gnome ni kde tu sais.
xfce pourait te plaire par exemple. Tu conserves toutes tes applications basées sur gtk, mais tu as un gestionnaire de fenêtre léger et surtout qui ne se prend pas pour le maître du monde. 