Les lives CD (et surtout Mandriva) ne sont pas énormément fiables. Je ne trouve pas ça trop bizarre que ta manip ne marche qu´une fois sur deux.
Pourquoi root aurait-il des documents personnels ? Normalement, root est juste un nom pour "celui qui administre la machine". Donc c´est assez fréquent que son dossier personnel soit relativement vide.
Pour les sauvegardes, mieux vaut ne pas faire d´archives (plus vite tu auras sauvegarder, et mieux ça vaudra). A ta place, je copierais directement fichier par fichier sur un autre support. Mais si tu tiens vraiment à faire un archive, regarde du coté de la commande ta. En gros :
login@hostname$ tar cjvf /home/login/backup.tar.bz2 /media/disk/*
(à adapter bien évidemment)