- Pour lancer un .exe sous linux, il te faut un programme spécial. wine fait l´affaire :
sudo aptitude install wine wine-utils
(je crois que le package wine-utils est important donc je te le fais installer en même temps que wine)
Une fois wine installer, tu fais winecfg pour configurer wine une fois pour toute et ensuite, wine ton.exe pour lancer ton .exe
Sinon, à quand xwine sous ubuntu...
- Tu veux mon sources.list ? 
Il ne te servira à rien que je suis sous debian et pas sous ubuntu, donc je dirai juste qu´il fait 3 lignes
Tu comprends peut-être pourquoi j´aime pas les sources.list d´ubuntu maintenant
- Pour flash, essaie "sudo aptitude install flashplugin-nonfree"
- Pour java, essaie "aptitude search java" et cherche un package avec un nom contenant sdk ou jre... Sous ubuntu je sais que c´est super simple mais faut trouver le bon package... (évite free-java-sdk je ne sais pas ce qu´il vaut)
- Les programmes sont tous dans /usr/bin
- Ce qui apparait sur ton bureau est le contenu du dossier Desktop dans ton home (si ton nom d´utilisateur est toto
/home/toto/Desktop)