Pour en revenir au classement, le constat est simple.
Si l´on considère qu´il y a un taux identique de publications, de prix nobel, etc. tu en auras plus (plus de profs, plus d´étudiants qui vont faire une thèse...) avec 27000 étudiants qu´avec 500. D´où le classement. Deux universités parisiennes regroupées et elles montent dans le top 10, c´est juste une question de taille (et c´est ce qui explique la volonté croissante de regroupement, aussi bien au niveau des universités qu´au niveau des Grandes Ecoles).
Pour la recherche, ceux qui passent par les écoles d´ingé (ou l´X) sont ceux qui ont une "illumination" durant leur cursus d´ingénieurs je pense, car c´est clair qu´à priori on a plus tendance à s´orienter vers la fac.
Et pour préciser, tu ne peux pas dire qu´une université est réputée pour sa recherche, tu vas nécessairement parler d´un département, voire d´une partie de celui-ci, ce que ne reflète pas il me semble le classement. Cambridge par exemple est fort pour la mécanique des fluides, moins pour d´autres trucs.
Enfin honnêtement, ce genre de classement intéresse le grand public et ceux qui filent de l´argent, les scientifiques (dans leur domaine) savent bien là où ça pulse et là où ça bulle...