Ton problème d'affichage de l'eau n'en est pas un ! Cela tient au format même des maps (fichier graphiques .tis): les zones que tu vois en vert clair correspondent à ce que le moteur de l'Infinity Engine appelle des "overlays", des zones sur lesquelles sont collées des images qui fonctionnent comme des animations.
C'est ce qui fait, dans le jeu, que tu vois une eau avec de légers effets de mouvements.
On retrouve des overlays dans BG2, mais plus du tout dans IWD ou IWD2.
La seule solution, pour avoir l'eau nickel c'est de faire des screenshots (seulement pour BG1, dans BG2, les overlays qui existents ne sont "marqués" comme dans BG1)
Pour ta question sur les textes du journal, un programme comme Near Infinity permet de consulter les sauvegardes, et donc les entrées du journal qui sont enregistrées (en fait de simples réf. vers le fichier dialog.tlk).
Il te suffit de consulter le fichier .gam contenu dans une sauvegarde située dans le dossier "save". Par ailleurs, Near Infinty permet aussi de générer un fichier .txt à partir du fichier dialog.tlk