Non, je pense qu'il a changé de plan une seule fois. D'abord, il voulait tuer tous les candidats.
Puis, quand la passation de pouvoir s'est faite, il s'est dit que c'était mort et du coup il a changé de plan.
Après, pourquoi voulait-il tuer Desmond ? Sûrement parce qu'il savait que retirer le bouchon le rendrait humain. D'ailleurs c'est probablement comme ça que Jack a compris ce qu'il devait faire.