Tu utilise quoi comme lib exactement? Lwjgl ou jogl ou ube autre?
Tant que vous utilisez la même lib vous pouvez travailler sur sur même code source, par contre avec les bindings d'openGL il faut changer les natives selom l'os dans ton projet,
ensuite au moment de la version finale, pour faire profiter les autres utilisateurs du jeu tu peux utiliser jarsplice pour créer un exe, jar, app ou sh. Il faudra seulement changer les natives.
SI t'as encore des questions n'hésite pas 