Une JVM intelligente devrait commencer par compiler le binaire pour JVM en code natif. et la, les differences de performances doivent devenir negligable.
Ensuite, il y a quelques optimisation que tu dois pouvoir faire quand tu manipule la machine a des niveaux plus bas que tu ne pourra pas faire comme cela, mais il devrait etre relativement rare.
De plus, si tu as vraiment besoin d'avoir une section de code tirant parti du matériel, tu peux toujours ecrire un driver JNI.
Finalement, bien que ca soit une console portable, une JVM a été écrite pour DS. Je ne me rappelle plus de l'url, mais on doit pouvoir la retrouver rapidement sur google.