Avant tout, as-tu lu les sections du manuel de Unity3D qui s'y rapporte, ainsi que les restrictions necessaires?
http://unity3d.com/support/documentation/Manual/HOWTO-ImportObjectMax.html
http://unity3d.com/support/documentation/Manual/Meshes.html
http://unity3d.com/support/documentation/Manual/Animations.html
"Pourquoi quand j'ouvre une animation et que j'importe une autre dessus donc du changement d'animation, certains objets ne sont pas là où ils devraient être."
Déjà, il faudrait que tu précises comment tu fonctionne sous 3DsMax. Tu utilises le Biped? CAT? Rig perso?
Quand tu parles d'import d'animation sous 3DsMax, tu t'y prend comment?
Bref, selon tes précisions, on pourras surement mieux cerner le problème. A priori, le soucis le plus classique viendrait d'un conflit entre bones. La solution à ce problème serait de placer toutes les animations sur le model initial (on en revient au premier point).
Mais bon, je ne dis pas que c'est forcément ça ton problème, mais c'est une possibilité. Je serais plus fixé avec plus de détails. En fait, j'ai surtout l'impression que le problème vient de ton workflow, quelque chose dans ta façon de procéder qui n'est pas "conforme".