La multi-nationale Shinra pompe l´énergie Mako de la Terre pour ses besoins. Clad, ancien membre du SOLDAT - groupe para-militaire - et devenu mercenaire, est engagé par AVALANCHE, un groupe terroriste et écologique, pour lutter contre la société Shinra.
Mais il découvre que le vrai danger pour la Terre n´est pas la Shinra, mais un ancien membre du soldat qu´il croyait avoir tué, Sephiroth. Mais depuis, Sephiroth semble avoir acquis une puissance incontrôlable, et a formé le projet de détruire la Terre en la faisant entrer en collision avec une météorite...