Je doute que ça aie à voir avec le Taux de Rafraichissement du moniteur (Qui est au minimum à 60Hz cela dit en passant...)
C´est con à dire mais je crois que ton PC est trop puissant pour le jeu, ce qui le fait merder (Les jeux un peu ancien ont des problèmes avec les grosses config des fois).
Commence par tout mettre à fond : resolution maximale, couleurs 32 bits, details etc... Après, jette un coup d´oeil dans le DeusEx .ini, il y a d´autres options qui traînent pour améliorer un peu les graphismes, qui rendront le jeu encore un peu gourmand (Genre le filtre trilinéaire, les textures AGP... Mets tout ça à True).
Si ça ne marche toujours pas, essaye de lancer une appli ou deux qui têtent un peu de ressources en parallèle...