Si je ne m'abuse, Gaijin en Japonais signifie "étranger", il me semble que ça équivaudrait presque à "barbare".
Durant le rapprochement entre le Japon et les nations occidentales vers la fin du XIXème, il y a eu pas mal de contacts entre les marins étrangers et les Japonais. Évidemment, comme les marins n'étaient pas non plus des prix Nobel, il y avait souvent des débordements. 
Pour les mecs qui géraient les villes Japonaises (connais plus le mot... ), on leur présentait ceci comme les problèmes que causaient les Occidentaux, ou encore les Gaijin.
Donc troubles Gaijin, c'était ça le jeu de mot. 