Bah déjà l'immersion. Je veux dire par là qu'en anime, parfois seulement quelques pages d'un tome est égal à un épisode de 25 minutes 
Perso je reprend l'exemple de naruto, j'ai sérieusement du mal. Quant tu vois orochimaru et naruto se regarder droit dans les yeux pendant 10 minutes, ca donne juste envie de gerber.
Après y'a aussi un problème au niveau de l'histoire. Je veux dire par la que, comme la plupart du temps, un anime est tiré d'un manga, il enlève certaines fois pas mal de chose. La plupart du temps, le manga n'étant pas fini, il te sorte une fin moisie
Et puis y'a aussi l'aspect graphique. Dans certains mangas ca passe encore, mais comme pour Soul Eater, le dessin fait 90% du manga, donc forcément à l'arrivé, même si l'anime n'est pas trop mal, il ne sera jamais aussi bon qu'en manga.
Et puis le foutage de gueule en anime, c'est carrément que parfois il se permette carrément de changer le manga en le transformant totalement. Comme je l'ai déjà dit, pour Sum Dunk par exemple, c'est du grand n'importe quoi. Le manga étant réaliste (c'est d'ailleurs grace à cet aspect que le manga a remporté un large succes), il se sont permet de transformer ca à la sauce "Olive et Tom"
Enfin voila, pour dire que la plupart des animes sont bien inférieur au manga et c'est bien normale, sachant que l'œuvre au départ est issu du manga. De plus, ce ne sont pas les exemples que tu m'as donné qui vont me prouver le contraire : (Hunter x Hunter en anime supérieur au manga c'est tout juste n'importe quoi).