Bah oui, il allait pas faire venir un médecin pour lui implanter son œil. C'est un badass, il utilise la manière forte, quoi.
Sinon, ça aurait été une scène du style:
Madara: "Euh attendez, tout le monde, ça gache l'effet de surprise mais je dois faire venir un médecin pour recoudre les nerfs liés à l’œil. Je pourrais tout simplement l'enfoncer directement dans mon orbite mais on est dans Naruto quoi et je dois passer sur la table d'opération."
Naruto: "Oh non Dattebayo, il faut qu'on fasse quelque chose pour l'empêcher de faire ça. Allez les amis, tous avec moi, KA-ME-HA-ME-HAAAAAAAA"
Bref, aucun intérêt à débattre sur la non cohérence d'une transplantation à la ninja. 