Il y a bien longtemps à l'époque des pyramides, les pharaons étaient passionnés par un jeu dont la puissance était terrible. Mais ce jeu des ombres se transforma en guerre menaçant de détruire le monde entier. Jusqu'au jour où un courageux pharaon réussit à enfermer cette puissance destructrice dans les 7 objets mystiques du millenium.
Maintenant, 5000 ans plus tard, un garçon du nom de Yugi libère le secret du puzzle du millenium. Il est imprégné des anciennes énergies magiques car son destin est de défendre le monde contre le retour sur Terre du jeu des ombres, comme le fit en son temps le courageux pharaon il y a 5000 ans.