C'est vrai que les batailles navales sont assez catastrophiques, et pourtant j'adorais les faire dans Napoleon TW et Shogun (et celles de FoTS, qui étaient très différentes du reste).
Pour citer un cas personnel et récent, j'ai finalement réussi à débloquer un port militaire... Donc je me suis dit "cool, là on va avoir du bon matos" (pensant, naïvement, que mes échecs précédents étaient dû à un cruel manque d'optimisation de mes flottes qui étaient constituées de birèmes). Bref, je prends des lanciers, des scorpions, un ou deux navires pour les sièges, une belle flotte de 10 unités flambantes neuves et qui m'ont coûté un bras.
Il s'avère que, justement, un clan Egyptien dissident se ramène à Carthage, que j'ai conquise (je joue Rome) et me balance un blocus. Moi, no problemo, je lui envois ma méga-flotte.
Selon le rapport de force, en résolution auto, il y avait 85% de chance de gagner... Autant dire que le mec allait se faire massacrer. Du coup, je me suis dit "autant la jouer, ca permettra de tester les nouveaux esquifs, et surtout d'en gagner enfin une !".
Eh bah c'était pas triste... Pourtant mon placement était correct, le mec en façe avait des bières/trirèmes, moi je n'avais que du lourd. J'ai direct mis en pause pour attribuer correctement les diverses cibles en faisant en sorte qu'ils ne se croisent pas ni rien.
Je lançe... Et effectivement, au début ça a l'air de bien se passer, la flotte fonce, je me suis dit qu'en un coup ça va être réglé... Et là, j'ai rien compris, mais toutes mes unités sont tombés, l'une après l'autre 
Certains abordages foirent (LOL, y'avait pourtant un ratio très favorable en ma faveur, mais mettons), et ceux qui réussissent... Eh bien, les mecs restent sur place, ils ne font rien !
Du coup, ça a très vite viré au massacre, vu que l'IA est totalement absente et qu'il vaut gérer la moindre pauvre action.
C'est d'autant plus triste que, sur les batailles terrestres par exemple, on peut arriver à des putain de retournement de situation même à 1 contre 3, et finir en victoire en ayant certes des pertes, mais une victoire quand même.
Donc oui, l'IA est complètement pété à ce niveau-là, j'ajoute que les problèmes d'abordages étaient déja présents dans Napoléon (sauf que ca n'était pas gênant vu que l'abordage n'était qu'une composante secondaire des batailles navales de l'époque).