Si tu penses recommencer, tu peux évidemment commencer par la version classique. La difficulté est équilibrée et progressive, idéale pour commencer. Par contre, si tu doutes de le refaire, vise Master Quest directement, histoire de faire le jeu avec le niveau de difficulté élevé (c'est pas un jeu hardcore non plus, mais quelques énigmes sont bien plus tordues par exemple).
Dans Master Quest tu as un peu plus d'ennemies, ils sont plus résistants, et certains donjons ont totalement été repensés en terme d'énigmes. La progression n'est pas aussi évidente et aisée et dans la version normale. Au delà de ces aspects, les versions sont assez identiques.
Donc tout dépend de ta motivation en fait (le faire une fois, ou 2 minimum). Dans le doute, moi j'avais commencé par Master Quest, et puis j'ai fait le mode classique après.