Il est tout a fait au courant puisque pour que l´ordre 66 marche il faut qu´il soit " appliqué" aux clones lors de la creation, dans les genes.
Et en plus c´est indirectement Palpatine qui commande l´armé puisque Jango dans l´episode 2 précise bien qu´il a été recruté par Tuyranus(donc Dooku)
Il faut savoir que ce n´est pas par hasard que Palpatine est a la tete de la Republique et Dooku des Separatistes.
C´est pour mieux gerer les actions de chancun et les amener la ou les Sith veulent les mener.
Palpatine et Sidious sont au courant de tout ce qui se passe.
Mais Palpatine chosit de trahir Sidious puisqu´il a decouvert une force plus forte en Anaki, Dooku ne lui sert donc plus a rien.