Bon déjà si je peux me permettre, le message écologique (qui passe par l'éveille des sens chez Malick, ça n'est jamais rabâché) n'a pas grand chose à voir avec le manichéisme.
Ensuite je ne suis pas d'accord quand tu parles d'une différence Indiens/Colons. Cette différence existe quand les colons débarquent sur ce Nouveau Monde. Mais ils ne sont pas montrés comme méchants. D'ailleurs je dirais que le sentiment qui domine dans le groupe est - selon moi - la peur, ou la curiosité. Un mélange des deux.
Les indiens sont au départ montrés comme des êtres qui ne sont pas cupides effectivement (mais ça je pense que ça a été une réalité au départ), mais même dans le film ils vont se laisser gagner par le désir de faire du mal (lors de l'attaque du camp notamment). Et puis des indiens gentils qui s'en prennent violemment à Smith alors qu'ils ne le connaissent pas encore... mouais, c'est contradictoire. Ils ont eux aussi un mécanisme de défense.
Donc à aucun moment ne dresse deux portraits bien distincts : gentils et méchants. Malick est un humaniste, il va se concentrer sur le ressenti d'un homme, d'une femme, au sein d'un groupe (ou lorsque cette femme et cet homme sont tous les deux). Ils va plutôt tenter de faire ressentir la complexité des sentiments humains. Il ne cherche pas à dresser un état d'une catégorie de personnes, il na juge jamais. Il respecte autant les indiens que les colons.
Le personnage qu'interprète Bale est d'ailleurs le contre-exemple parfait de ce que tu dis. Il dégage une certaine bonté, il sait aimer et attendre, respecter.