C'est deux univers différent oui.
Un jeu comme Super Metroid restera "joli" à jamais car comme tu le dit, la 2D était maitrisée et parfaitement travaillée.
Cela dit, il y avait des jeux mieux travaillés que d'autre ici et là. On est plutôt d'accord pour dire qu'un Quake 2 n'était pas très réjouissant niveau graphismes malgré le monde intégralement en 3D, mais si on regardait sur N64 par exemple, presque en même temps sortait Turok ou GoldenEye et là on en prenait plein les yeux niveaux animations et 3D ( à l'époque ), et le tout restait très bien rendu, même aujourd'hui je trouve...
Exemple pour illustrer mon propos qui avait marqué beaucoup de joueurs à l'époque :
http://www.youtube.com/watch?v=zVwjHcvJ0Yc&feature=related
Niveau animations, faut avouer que voir un truc comme ça au tout début de l'année 97 c'était IMPRESSIONNANT et vraiment plus réaliste que n'importe quel sprite 2D ^^